奶样品用特制的缓冲溶液来进行处理，使其内的体细胞被荧光染料染色。这些溶液被注入到流式细胞仪内，通过水压聚集起来，确保被染色的体细胞能够截断一股激光强束，使体细胞发出荧光。然后，这些荧光被收集起来并检测。在整个体细胞计数结果中，以柱状分析图来显示电子脉冲的高度和宽度。这些柱状图被记录并归档保存起来，以便将来能再把它们调取出来，使得增强数据分析方法成为可能。
牛奶体细胞分析仪的工作原理：
基于药剂水溶液和牛奶中体细胞的相互作用，导致牛奶粘稠度变化。体细胞越高，牛奶的粘度就变得越高。
设备通过计算牛奶混合物流经毛细管的时间，就可以在设备屏幕上显示出牛奶中体细胞数量（流经时间也会同时显示,通过大量数据测试储存）。
牛奶体细胞分析仪注意事项：
1、奶样应为8小时内挤出的鲜奶，冻藏奶样需恢复至室温；
2、测试前勿将试纸沾湿；
3、勿弯曲或拆开试纸组件、触碰圆孔，避免圆孔内接触细碎污垢；
4、避免阳光直射或温度；
5、环境温度在7℃到35℃之间测试效果*；
6、测试奶样不能掺有防腐剂之类的东西，如布罗波尔等；
7、激活剂为化学药品，请勿饮用；
8、滴管可重复使用，*挤尽上次剩余奶液，在第二个奶样或是清水中反复挤捏3-4次；
9、试纸、激活剂、比色卡要在2℃～25℃下避光干燥保存。
10、包装拆开后尽量在4小时内使用。
应用领域：
1）
牛奶体细胞分析仪可用于活细胞测试、体液计数和体细胞计数。它可用于计算细胞总数、非活细胞和体液、DNA荧光染色剂（PI或EtBr）染色。该仪器采用UV可见光源来计数RBC；
2）可用于HACCP管理；判定体细胞等级；保证乳制品业的竞争力；
3）原汁鲜奶从农场奶罐送到运奶车中预先检测；
4）可测定不同奶牛的每个乳房的体细胞。
